Раздельная в годы Независимости Украины
24 августа 1991 года Верховный Совет Украинской ССР провозгласил независимость Украины, 1 декабря 1991 года раздельнянцы подавляющим большинством на референдуме поддержали независимость Украины.
В результате вооружённого конфликта в Приднестровье в 1992 году, на станции Раздельная расположились палатки с беженцами из зоны военных действий.
В 1992 году электрифицирован участок дороги Котовск-Раздельная, что позволило увеличить оборот электроподвижного состава и реорганизовать движение на Одесской железной дороге.
XXI век
В 2000 году электрифицирован участок железной дороги Раздельная-Кучурган. В начале 2000-х годов в Раздельной начался активный период газификации домов. На сегодняшний день более половины домохозяйств газифицированы и используют газ для отопления домов в отопительный период.
18 ноября 2003 года в Раздельной был введён в эксплуатацию новый железнодорожный вокзал. Стоимость строительства 19 668 тысяч гривен. На открытии присутствовал министр транспорта Украины Георгий Кирпа. Железнодорожный вокзал в Раздельной стал вторым на территории Украины после Киевского вокзала, который полностью соответствует европейским нормам и стандартам. Реконструирована также привокзальная территория площадью в 75 гектаров. На станции Раздельная полностью заменены все системы управления движения железнодорожным транспортом. В частности, стрелочные горловины переведены на железобетонные шпалы, модернизирован пост электрической сигнализации, который управляет 30 стрелками.
Учения «Rough & Ready-2006» в Раздельной
В период с 17 по 19 сентября 2006 года на станции проходили международные учения «Раф энд Рэди-2006» (Rough & Ready-2006).
По легенде: «…На станции Раздельная в вагоне поезда Одесса — Киев сработало взрывное устройство. Есть убитые и раненые, и к тому же анонимный телефонный звонок сообщил о том, что взорванное устройство было „грязной бомбой“, которая, кроме разрушений и пожара, вызвала радиоактивное заражение, которое стремительно расширяется …»
На учениях присутствовали Посол США на Украине Уильям Тейлор, генерал-майор, начальник службы гражданской защиты населения МЧС Украины Василий Квашук, генерал-адъютант Национальной гвардии Калифорнии Вильям Вейт и командующий ВВС Национальной гвардии Калифорнии генерал Денис Лукас.
В 2013 году населённый пункт отметил свой юбилей — 150 лет.
28 февраля 2014 года в Раздельной был снесён памятник Ленину.
19 февраля 2016 года городской совет, исполняя требования закона Украины «Об осуждении коммунистического и национал-социалистического (нацистского) тоталитарных режимов на Украине и запрет пропаганды их символики», принял распоряжение о переименовании улиц и переулков города Раздельная. В результате чего было переименовано 26 улиц и 9 переулков. Главная улица получила название Европейская (бывшая Ленина).
В ходе реформы децентрализации, проводимой с 2014 года, местная власть получила больше полномочий и финансирования. Это благоприятно сказалось на благоустройстве города. На основных улицах города появилось освещение, остановки маршрутного такси, баки для сбора мусора, в целях обеспечения дорожного движения вдоль дорог с интенсивным движением были проложены тротуары, появилась дорожная разметка и дорожные знаки. Регулярно проводится ямочный ремонт.
27 мая 2020 года Кабинет Министров Украины утвердил план территорий общин Одесской области. Раздельная была определена центром Раздельнянской городской общины.
17 июля 2020 года Раздельная стала центром укрупнённого Раздельнянского района, в состав которого вошли существовавшие ранее 1 городской, 1 поселковый и 17 сельских советов Раздельнянского района и территории ликвидированных районов:
Великомихайловского (Великомихайловский поселковый, Великокомаровский, Гребениковский, Комаровский, Новопетровский, Новоселовский, Полезненский, Стояновский, Юрковский, Новоалександровский, Соше-Островский, Великоплосковский, Новосавицкий, Славяносербский, Тростянецкий, Новоборисивский, Мигаевский, Первомайский, Полишпаковский сельские советы), Захарьевского (Затишанский поселковый, Захаровский поселковый, Торосовский, Перекрестовский, Васильевский, Карабановский,Йосиповский, Павловский, Россияновский, Войничевский, Марьяновский, Новозарицкий, Ониловский)Ширяевского (Сахановский сельский совет).При этом территория Егоровского сельского совета Раздельнянского района вошла в состав Дачненской общины Одесского района.